在省政府启动突发公共卫生事件一级响应后，为了进一步加强对疫情防控工作的统一集中领导，完善组织指挥体系，充分发挥各部门在疫情防控工作中的职能作用，1月27日，市政府决定成立庆阳市新型冠状病毒感染的肺炎疫情联防联控指挥部，由市委副书记、代市长卢小亨任指挥长，市政府副市长王胜、秘书长左自刚、副秘书长牛维宇、市卫生健康委主任邓莉娟任副指挥长，24个部门单位主要负责人任成员。

指挥部下设办公室、交通检疫组、检测救治组、市场监管组、物资保障组、信息工作组、宣传及舆情应对组、社会稳控组、督导检查组等“一办八组”，承担疫情应对指挥具体任务。